Катер БК-16Э предназначен для проведения операций в светлое и темное время суток в морских прибрежных зонах, проливах, устьях рек и на озерах; перевозки личного состава; высадки десанта на необорудованное побережье; огневой поддержки десанта; борьбы с пиратством и терроризмом; медицинской эвакуации; оказания помощи терпящим бедствие.
Для обеспечения мобильности при базировании катеров БК16Э разработан комплекс технических средств в состав которого могут входить:
- автомобильный прицеп,
- пост береговой охраны, созданный на базе стандартного транспортного контейнера.
Катер БК16Э является универсальной платформой на базе которой возможно создание следующих модификаций:
- командный;
- медицинский с реанимационными модулями для эвакуации пострадавших;
- водолазный;
- противодиверсионный;
- пожарный;
- разминирования.